Non esiste una risposta assoluta, frantoio e mulino a martelli hanno caratteristiche diverse che possono influenzare la scelta. In passato la risposta sarebbe caduta sicuramente sul frantoio ma oggi, grazie alle notevoli migliorie dei mulini, la scelta del cliente cade sempre più spesso sulle macchine a martelli.
Il frantoio è più economico per l'acquisto e per la gestione, è molto robusto ma lavora con difficoltà in caso di materiali molto terrosi ,umidi e con presenza di pezzi di ferro e di legno. Necessita spesso di un operatore in prossimità del carico per eliminare corpi estranei.
Il mulino a martelli è più costoso per la gestione e l'usura dei martelli, ma garantisce produzioni maggiori rispetto ad un frantoio con una qualità superiore dei materiali prodotti. Non è soggetto ad intasamenti per legno o materiali molto umidi e non necessita di un operatore al carico.